Os Moluscos são um dos melhores bioindicadores de poluição já conhecidos. Por estarem quase à beira-mar, em uma zona onde se concentram os mais diversos tipos de poluentes, eles são facilmente afetados. No seu corpo concentram-se várias substâncias tóxicas, como o benzeno e metais pesados. Como são comedores de plânctons, organismos igualmente sensíveis à poluição, concentram-se e potencializam, até em mil vezes, elementos tóxicos nos seus corpos.
Os moluscos bivalves, como os mexilhões, fazem passar uma grande quantidade de água por suas lamelas branquiais, retendo assim o plâncton contaminado.
Os moluscos são ecologicamente importantes por um motivo: suas conchas são o elemento vital do ciclo do calcário.